كان اسم المسجد الأقصى قديماً يطلق على الحرم القدسي الشريف وما فيه من منشآت أهمها قبة الصخرة التي بناها عبد الملك بن مروان عام 72هـ/691م مع المسجد الأقصى والتي تعد واحدة من أروع الآثار الإسلامية ، ثم أتم الخليفة الوليد بن عبد الملك البناء خلال فترة حكمه التي امتدت من عام 86 ـ 96هـ / 705 -714م
ويختلف بناء المسجد الحالي عن بناء الأمويين ، حيث بني المسجد عدة مرات في أعقاب زلازل تعرض لها على مدى القرون الماضية ، بدءًا من الزلزال الذي تعرض له أواخر حكم الأمويين عام 130هـ/747م ومروراً بالزلزال الذي حدث في عهد الفاطميين عام 425هـ/1033م